  | La presència i proliferació d’espècies aquàtiques exòtiques invasores. Les espècies exòtiques invasores representen la segona causa de pèrdua de biodiversitat del planeta. |
| El risc d’extinció a l’Estany de Banyoles de les poblacions d’espècies d’interès europeu: la tortuga d’estany (Emys orbicularis), la tortuga de rierol (Mauremys leprosa), el barb (Barbus meridionalis) i la nàiade allargada (Unio elongatulus). |
| La pesca esportiva a l’estany. |
| L’increment de l’eutrofització d’una part del fons de l’estany i degradació d’un hàbitat de vegetació d’interès europeu. |
| La proliferació d’espècies vegetals exòtiques invasores en hàbitats al·luvials d’interès comunitari. |
| Regressió de l’extensió dels hàbitats al·luvials de boscos de ribera d’interès comunitari. |
