  | La presencia y proliferación de especies acuáticas exóticas invasoras. Las especies exóticas invasoras representan la segunda causa de pérdida de biodiversidad del planeta. |
| El riesgo de extinción Lago de Banyoles de las poblaciones de especies de interés europeo: el galápago europeo (Emys orbicularis), el galápago leproso (Mauremys leprosa), el barbo (Barbus meridionalis) y la náyade alargada ((Unio elongatulus). |
| La pesca deportiva en el lago. |
| El incremento de la eutrofización de una parte del fondo del estanque y degradación de un hábitat de interés europeo. |
| La proliferación de especies vegetales exóticas invasoras en hábitats aluviales de interés comunitario. |
| Regresión de la extensión de los hábitats aluviales de bosques de ribera de interés comunitario. |
